Nel corso degli anni il governo ombra, ci informa la giornalista americana Linda Howe, ha cambiato nome in "Majority 12, Majesty, MAJI, MAJIC, PI-40 e Country Club". Quest'ultima denominazione si riferisce evidentemente al gruppo al vertice che si riuniva alla mensa mattutina di Johnson. In Italia l'identità fra Majestic 12 e 54/12 è stata supposta anche dal sociologo Roberto Pinotti. Di questa sinarchia politica fecero parte, dal 1954 (anno di un cambiamento radicale a causa della crisi con i russi) McGeorge Bundy, importante politico d'alto livello; John McCone, nuovo capo della CIA in sostituzione di Allen Dulles; Robert McNamara, della Difesa; Roswell Gilpatric e Ural Alexis Johnson, quest'ultimo delle relazioni con l'estero. Membri di spicco divennero Zbignew Brzezinski, addetto alle relazioni con i Paesi dell'Est, e (apparentemente indipendenti) Howard Menzel e Lloyd Berkner del Majestic 12. Il presidente degli Stati Uniti era formalmente a capo del Governo Invisibile, ma spesso venne scavalcato e tenuto all’oscuro di tutto dai vari sinarchici, che ne combinarono di tutti i colori.
Fra le date di spicco nella vita del governo ombra ricordiamo le seguenti.
1956. Eisenhower crea, il 13 gennaio, il PFIAB, President's Foreign Intelligence Advisory Board, che, per i giornalisti Wise e Ross, era un altro gruppo di potere occulto, probabilmente destinato a rimpiazzare il precedente OCB. Con compiti specifici nella politica estera e nella ricerca atomica (probabilmente anche nella retroingegneria UFO).
1961. Kennedy muta il PFIAB in PBCFIA (President's Board of Consultants on Foreign Intelligence Activities), un'altra fonte del governo invisibile, implicato in attività "straniere", presumibilmente riguardanti anche lo studio degli UFO e lo spionaggio all’estero.
1964. Viene chiusa la commissione IAC, sopravvissuta al Majestic 12, rimpiazzata dall'USIB, l'United States Intelligence Board, un gruppo altrettanto segreto. Nel giugno dello stesso anno il Gruppo 54/12 si trasforma nel Comitato 303. Al riguardo l’ufologo francese Jean Sider ha scritto: "Sembra dunque stabilito che siano esistiti due poteri consultivi occulti, uno per gli UFO (IAC, poi USIB), l'altro per trattare problemi più tradizionali (settore nucleare, politica internazionale: OCB, PFIAB poi PBCFIA)".
1970. Il Comitato 303 è rimpiazzato dal Comitato dei 40 voluto da Henry Kissinger.
1976. Una direttiva segreta del presidente Ford sopprime il Comitato dei 40 e lo sostituisce con la Commissione CFI (Committee on Foreign Intelligence). Di esso fan parte solo tre persone, tra cui il direttore della CIA, che all'epoca era George Bush. L'USIB viene sostituito da un nuovo gruppo, l'Operations Advisory Group (OAB).